На самом деле это всё вкусовщина и основываюсь я прежде всего на личных ощущениях от просмотра и чтения. Некоторые манга и аниме слишком сильно разнятся по сюжету в виду того что аниме снималось в период когда манга ещё не имела финала (как в старом Стальном алхимике), некоторые просто взяли за основу концепциюосновной сюжет и переделали под рамки собственного проекта (как в случае с Rosario+Vampire и Эльфийская песня). Погнали:
* Кайдзи. Если оставить в с тороне специфичную рисовку, то я бы сравнил это аниме с "Что бы вы сделали" и "Пила". Игра интеллекта, азарт, ход мысли гораздо интереснее наблюдать в динамике, чем в статичным картинках манги. 
* Невероятные приключения Джо - Джо. Согласитесь, эпичные бои гораздо интересней смотреть "в движении", нежели в прыгающих картинках. К тому же в аниме гораздо проще отслеживать хронологию и ход событий, нежели в постоянных скачках манги.
* Rosario + Vampire. Очень противоречивый выбор, ибо аниме - комедия в чистом виде, тогда как манга содержит в себе ещё большой элемент драмы, но слишком перегружена деталями, которые, честно говоря, не всегда интересно читать.
* Истории монстров. Тут надо или читать ранобе, чтобы прикоснуться к духу оригинал, как это было задумано автором, либо смотреть аниме. Почему аниме? "Потому что это визуальное буйство в его первородном виде, торжество анимации над всем остальным. Именно ради такого и были созданы мультсериалы в принципе."
* Эльфийская песня. Тот случай, когда надо читать или смотреть не "вместо", а по очереди. Сперва посмотреть аниме, потом прочитать мангу. 2 абсолютно разных истории, которые объединяют лишь общие персонажи, 2 сильных драмы  и отличный, мрачный саундтрек. В аниме, несмотря ни на что есть то, что можно описать как "надежда". На лучшее, на то что может не всё так плохо и жизнь ещё можно изменить. Тогда как манга кидает читателя в пучину отчаянья, депрессии и лёгкой шизы. Но не всё так плохо. Почему? Прочтёте - узнаете)